難しいのは、双方とも言い分があり、基本的に自分が正しいと思い込んでいるということです。

でも、これだけは覚えておいてください。労働トラブルが起こった場合、会社が無傷というのはほぼありえない！ということを。

労働トラブルが起きるとどうなるのか？

ある勉強会に出席したとき、労働問題に詳しい弁護士さんが言われていました。
「日本は弱者救済の前提があるので、裁判を起こされた時点で会社はゼロ回答はありえません。裁判を起こされた時点で負けなのです。勝ちとか負けではなく、どのレベルで和解をするかを考えてください。」

私もそう思います。よほど鬼のようなトップレベルの労務管理を行っていない限り、アラ探しをされたらいくらでもブラック企業になってしまいます。

労働トラブルに関しては（特に退職後の残業代や不当解雇などの請求は）、ほぼ感情論です。
悔しい、嫌だ、このままにしたくないということです。

お金よりも相手を痛めつけてやりたいという感情が前提にあります。
このような感情で何かしら言ってくる相手に対して、会社が無傷又は傷を浅くしていくためには、大前提として日頃からの労務管理をキチンと行っていくことです。

そして、もっと大事なのは、経営者と従業員の人間関係となります。月並みですがこれにつきます。

もう一度記載しておきます。労働局のあっせんや裁判などになった時点でそれなりの手間と出費は覚悟してください。

労働局のあっせんにせよ、裁判にせよ　100対0の勝ち負けなどは、ほぼ100％近くありえません。

最終的に和解による金銭解決になりますが、その額が多いか少ないかというだけです。要はいくらだしたら和解する？ということしかありえないのです。