業務命令に違反することは懲戒解雇事由にはなります。業務命令というのは、日々の業務における指揮命令から転勤などかなり広範囲にはなります。
変な言い方ですが、業務命令違反を懲戒事由とすることは（一番重いのが解雇）、業務命令自体が適法・適当なものである必要があります。
適法・適当というのは、例えば転勤を命じた場合に従業員に介護すべき家族がいる場合など、やむをえない事情や酌むべき事情がある場合、また軽微な業務命令違反の場合などは、懲戒解雇自体が懲戒権の濫用として無効とされる可能性がかなり高くなります。
日常業務における指揮命令違反にしても、よほどの重大性・悪質性がないと、通常の日常業務命令違反（上司の言いつけを守らないなど）による解雇は難しいと思われます。
業務命令違反による解雇
これは、逆説ではありますがいきなりの懲戒解雇は難しいため、じょじょに段階をおって厳しい処分にしていくというステップを踏まなければいけません。
要は、口頭注意から反省文、始末書、減給（や出勤停止）と段階を追っていき、懲戒解雇がやむを得なかったという状態にまでなることです。辞令・業務命令書や指導を行った場合の書面・メール等は懲戒解雇が有効であると主張する場合、会社に立証責任がありますので、気をつけてください。
それでも、できれば懲戒解雇よりは、能力不足や債務不履行による普通解雇の方向にした方が問題はありませんが。
