労働基準監督署から通知・是正勧告があった場合、無視するとどうなるでしょうか?
例えば、警察官は犯罪者を捕まえるわけですが、刑期の長さは裁判所が決めます。
また、犯罪で損害を負ったにしても(例:窃盗や障害など)、警察官が損害賠償を請求してはくれません。
労働基準監督署も考え方は同じです。
例えば、従業員が監督署に残業代の未払いがあると申告したとします。
監督官は(程度の重さにより、会社に電話等で連絡又は会社に調査に行き)、通常是正勧告という書類を出します。
この是正勧告を無視した場合でも、労働基準監督署は未払いの残業代を会社に「むりやり払え」と強制することはできないのです。
もっと言うと、それを強制できるのは民事上の合意か、差し押さえなどの裁判所による強制手段が必要になります。
法律的に違反があるかどうかの行政指導であり、民事不介入(強制的に払わす行為)ということです。
ただし、是正勧告を含めて全てを無視すると、検察に送致され犯罪者になる可能性がありますし、その後マークされるのも現実的ではないと思います。
ですので、会社の主張は主張として、是正勧告にはある程度のところで応じるという姿勢が大事かと思われます。