定額残業代を有効にするためには、どのようにしていくべきでしょうか？
有効も何も、本人同士の合意があればいいじゃないか？？そのとおりだと思うのですが、結局裁判などで揉めると、それが残業代であったと立証する責任が会社にあります。
現在、いろいろな判例が入り乱れており、統一的な見解というのはないのですが、おおむね下記３つの要件が加味してあれば、認められる可能性はかなり高いと言えると思います。
基本給に残業代の一部を組み込んだ場合の定額残業代の要件
１、当たり前ですが、当事者間において定額残業代として支払うことの合意があること（及びその旨の就業規則への規程と周知など）。
２、定額残業代部分と通常の賃金のとの判別がなされていること（明確な区分性）。
３、実残業時間がその金額を上回る場合、その差額を支払うこと。
→これは、足りなければ払うというのは当たり前のことではあるので、重要な要素です。逆に足りなくても支払をしないという例が多くあります。社長さんから「払わなくてもいいんだよね？と言われたこともあります。
しかし、払わないのならば、定額残業代というのは名ばかりで、単純に脱法であり、全てが基本給であると認定される可能性がかなり高くなります。運用が雑なのに法は保護しないという考え方です。
実現場の運用
基本給30万円（内払いとして固定残業代50,000円 27.5時間/月含む 実残業時間が内払いに足りない場合差額を支給する）というような表記で明確に表示(就業規則など）・通知（雇用契約書など）・合意しており、もし27.5時間を超えた場合、差額を支払うという運用が必要です。
判例
高知観光事件（最判平成６年６月13日）
小野里機材事件（最判昭和63年７月14日）
テックジャパン事件（最判平成24年３月８日）
他にもいくつかありますが、最高裁まで争っているということです。弁護士費用を考えただけでもなかなか大変・・・になりますよ。
