従業員が勝手に残業をやっていた場合、会社が何も言わず放置すると残業代の支払が必要となる場合が多くなります。
ですので残業は事前許可制を徹底し、基本的に残業は認めないという姿勢が必要となります。
また、仕事が終わったら速やかに退社させることも徹底してください。
もし、タイムカード（及び類するもの）などで入退社を記録している会社であれば、タイムカードに打刻されたその時間が労働時間とみなされてしまうというケースが多るからです。
そんな馬鹿な？と思っても、従業員がタイムカードの時間が残業時間であると主張した場合、会社はそれを打ち崩すだけの反論と根拠を示す必要があります。
会社は実際の労働時間はタイムカードと違うと証明できるだけの証拠が必要になってしまうのです。でも、現実的に根拠は示せないと思います。日報とかメールとかかき集めてもどうかという感じですよね？
ですから、まず残業は事前許可制として、会社に居残っている場合は必ず帰社させる。
その旨を就業規則に記載して、実際の運用も徹底させるようにして下さい。
