給与設計は定額（固定）残業代制を導入して、一定数の残業代は含まれる形で設計しておくこともできます（ただし、含まれる時間を超えた場合、差額分を支払う必要があります）。
この際、営業手当とか繁忙手当とかオペ手当など、何かしらの名称を変えて残業分として出しているケースがありますが、労働条件通知書や雇用契約、就業規則などが存在しない場合も多く、後で未払い残業代の請求となるリスクが多くあります。
現場の意識レベルを残業削減に変えていきながら、給与体系等も変えていき、就業規則なども整備していくという形が望ましいと思います。
手当を残業代として認識しているのか
要するに、従業員は手当を残業代と認識していなかったという場合（または、そう言い張られる場合）、それが残業代であったと会社は主張・立証する必要があります。
ちなみに、就業規則や労働条件通知書など、キチンとした支払いの根拠がない場合、例えば営業手当が残業代だったと主張しても負ける可能性がかなり高いです。
このときに、大事なのが雇用契約書の記載と就業規則となります。
